Мне кажется, что разделение на знание естественное и гуманитарное - это некая условность, на самом деле, методы те же часто.
Это так, на самом общем уровне, но все же эта условность часто препятствует проникновению новых находок из одной сферы в другую. Мне кажется, что хоть методы в биологии и лингвистике и эволюционируют в одном направлении, но сами по себе — без общения между учеными. Например, вот кладистическая классификация применяется и там, и там, а называется так только в биологии. Похоже, что принцип был выработан независимо. И так чуть ли не во всем.

чему относится философия: к науке или к искусству?
Ну, это вопрос философский.